数据抽取的工具开发难度有多大

　　公司打算上马一个医疗项目，核心功能是实现对医嘱执行的监控。大体的设想是系统能独立的运行，但是数据来源是各医院的各医疗系统的数据库。
　　在开发计划中会有一个数据抽取的子系统，它的功能是从各种医疗系统的数据库中不停的发现新数据或数据的状态变化，抽取、格式转换、并存入咱们自己的数据库。它需要是可配置的，配置包括两方面，1实施人员在医疗数据库中配置视图（比如A系统里医嘱是一个表，B系统中医嘱放在2个表中，通过视图配置成一样的），2抽取工具是可配置的（比如从什么字段写到什么字段、性别“男”转换成“1”）。最终期望的效果是不用新写代码，通过配置即可把不同医疗数据转换成咱们需要的数据

我想问这样的抽取工具开发难度大吗？关键难点在什么地方。高人指点，非常感谢！

补充：.NET技术 ,  C#