向java高手请教

请看下面一段代码，调用一个外部muscle.exe程序，在myeclipse里运行是可以成功调用muscle.exe，但当打包成jar时，再次运行，发现无法调用muscle.exe了，请教高手们帮忙解决这个难题。说明：muscle为该项目下的一个文件夹。
String cmd[]={"muscle/muscle.exe","-in",jSeq1TextField.getText(),"-out",str1,"-maxiters",(String)jMaxitersCombo.getSelectedItem(),str2};
try {
pro=Runtime.getRuntime().exec(cmd);
} catch (IOException e) {
// TODO Auto-generated catch block
e.printStackTrace();
}
Runtime 调用exe程序 --------------------编程问答-------------------- 路径问题，写个绝对路径就可以了 --------------------编程问答-------------------- 因为jar以后不知道当前路径是什么， 改成..//类似的符号  指向当前目录文件

补充：Java ,  Eclipse