关于开机看似简单却复杂的问题讨论

背景：要实现以下功能：将自己编写的程序放在光盘或USB启动介质中，开机引导时加载自己编写的程序，然后正常引导操作系统。
问题一：操作系统引导成功（如WINDOWS）进入桌面后，自己写的程序是否依然驻留运行？
问题二：如果能保证操作系统启动过程中，自己写的程序驻留运行，有没有办法监控系统的启动行为（如磁盘访问）？

补充：云计算 ,  云安全