一个IOException的问题

是这样的 我用的是bat调jar包来运行程序

把所有的程序放在main方法中，批处理碰到一个问题，就无法运行，窗口就停住不动了

另一种是把程序另写一个方法，main方法中去调这个方法，碰到问题后，批处理继续往下。

这是什么原因呢？

第一种方法是main方法中带IOException

第二种方法是main方法中带IOException，下面的方法还带IOException

程序的内容主要是按一定要求改文件名、不符合要求的就不改名，问题后来发现是改完的文件名在源文件夹件中已经有了，改名过程中会有冲突，第一种方法跳不过去，第二种方法就能跳过去，是不是和IOException有关啊？
谢谢

补充：Java ,  Java SE